У Святоуспенській Унівській Лаврі о. Климентій продовжив боротьбу за збереження єдності греко-католицької Церкви, залишаючись при цьому головним противником переходу духовенства до московської православної церкви
В березні 1945 року Йосифу Сталіну була надіслана для ознайомлення підготовлена таємна інструкція № 58 щодо \"приєднання греко-католицьких парафій у СРСР до Руської православної церкви\". Це означало початок ліквідації греко-католицької Церкви.
У 1945 році була створена «Ініціятивна група із возз’єднання Греко-Католицької Церкви з Православною Церквою», із осідком у Львові. Одразу після арешту Митрополита Йосифа адміністратором Львівської архиєпархії призначили Гавриїла Костельника.
Рабин Давид Кахане у своїх спогадах пише, що саме його зустріч із Митрополитом у серпні 1942 року спричинилася до початку великої акції з порятунку євреїв Галичини
У середині жовтня 1944 року Митрополит Шептицький захворів, помер 1 листопада. Про смерть Владики навіть нині в авторитетних виданнях можна знайти безліч повідомлень і згадок не лише неправдивих, а часом просто абсурдних.
Згідно Шематизму Львівської Архиєпархії за 1927 рік, структура монастирів Студитського Уставу, а також кількість монахів свідчать про значні зусилля, вкладені о. Климентієм у розвиток справи.